Здравствуйте! На данный момент портал работает в режиме тестирования.
мама
123
Биомед ИТ и электроника Новости

Группа ученых создала программу для анализа совокупности ДНК

Metafast

Группа специалистов из петербургского университета информационных технологий, механики и оптики (Университета ИТМО), Федерального научно-клинического центра физико-химической медицины и Московского физико-технического института создали программу MetaFast для анализа и сравнения между собой совокупностей генов микроорганизмов из различных сред обитания. Новый способ делает возможным сравнение микрофлоры здорового человека с микрофлорой больного и позволяет обнаружить до этого неизвестные патогенные микроорганизмы, чтобы создавать препараты направленного лечения. Об этом сообщает ТАСС со ссылкой на пресс-службу Университета ИТМО, а итоги исследования опубликованы в журнале Bioinformatics.

«В микрофлоре кишечника пациента могут быть выявлены микроорганизмы, ассоциируемые с каким-либо заболеванием, например, с диабетом или предрасположенностью к нему. А это уже предпосылки для применения персонализированной медицины и создания новых лекарств», — рассказал главный разработчик программы, сотрудник Международной лаборатории «Компьютерные технологии» Университета ИТМО Владимир Ульянцев.

Созданная специалистами программа MetaFast предназначена для проведения сравнительного анализа большого числа метагеномов и выявления болезнетворных микроорганизмов, избегая при этом процесса их выделения и разведения. Метагеном — это совокупность ДНК всех микроорганизмов, обитающих в одной среде, например, в кишечной полости человека. По такой совокупности генов можно обнаружить болезни и предрасположенность к ним. Поэтому исследование микроорганизмов, проживающих в различных отделах человеческого организма, представляет особую важность в сфере изучения метагеномов.


Сотрудники МФТИ научились быстро и точно изучать микробиоту человека


MetaFast дает возможность найти в изучаемой среде все существующие гены, даже неизвестные ранее, и в то же время обнаружить в метагеноме особенности, отличающие одних пациентов от других, к примеру, больных людей и здоровых. На данный момент пока не существуют базы данных, в которых проводятся микроорганизмы, связанные с определенными заболеваниями, поэтому новая программа способна помочь в поиске этих закономерностей и связей.

Кроме того, проведение анализа метагеномов самобытных народов, живущих в замкнутых популяциях, с городскими жителями поможет выделить бактериальные микроорганизмы, приносящие пользу людям, но утерянные при урбанизации. По мнению ученых, MetaFast продемонстрировал высокую эффективность в процессе изучения редких и неизвестных совокупностей генов.

По всему миру уже собрано огромное число экспериментальных данных по разнообразным метагеномам. Поэтому именно сейчас существует острая необходимость в создании программных средств для анализа данных по метагеномам.

Об авторе

Катерина Белоусова

Катерина Белоусова